För att spara ändringar som gjorts i AioAnalyse väljer man Arkiv -> Spara, detta sparar alla öppnade filer på en gång.
Lastfiler kan sparas på två olika sätt. Som standard sparas alla ändringar som gjorts i lastdata till en separat justeringsfil med samma namn som lastfilen men med filändelsen CHG. Det gör att den ursprungliga lastfilen kan behållas intakt. För att istället spara ändringar direkt i lastfilen väljer man Arkiv -> Spara special -> Spara som originalfil. Observera att det endast är de förändringar som gjorts sedan filen sist sparades som lagras i originalfilen.