I NetMap är infört flera säkerhetsnivåer. Endast användaren med tillträdesrättigheter kan komma in i systemet. Varje användarens rättigheter är begränsade till en nivå, som bestämts av systemoperatören. Rättigheterna är knutna till användaridentifikation och lösenord. Det finns flera nivåer med användarrättigheter, där systemoperatören är användaren med flest rättigheter. De olika nivåerna är införda för att undslippa otillbörligt intrång och korrigeringar i databasen och det grafiska verktyget.
För att slippa ifrån inskrivningar av felaktiga informationer i databasen ska den dagliga användaren i en lång rad fält välja inskrivningsvärden från kataloger. Därvid görs en validering av de inskrivna upplysningarna.